Anu Heinoneni side Eestiga sai alguse juba 20 aastat tagasi, mil ta tuli vahetusõpilasena Tartu Ülikooli ning töötas praktikandina Soome Instituudis. Hiljem on ta juhtinud näiteks Soome ja Eesti valdade koostööprojekte. Lisaks Eestile ja Soomele on tal olnud erinevaid tööalaseid väljakutseid Lätis, Poolas ja Belgias. Enne Soome Instituudi juhataja kohale valimist töötas Anu Heinonen Uusimaa maakonna omavalitsuste liidu ELi struktuurifondide eksperdina.

Anu Heinonen alustas Tallinnas tööd 1. jaanuaril 2019. aastal